In Flames est né quand trois membres de Ceremonial Oath, Jesper Strömblad, Johan Larsson et Glenn Ljungström, quittent le groupe pour commencer un projet musical seuls. Ils enregistrent une courte démo, avec Mikael Stanne, futur membre du groupe Dark Tranquillity, au chant, qui fut envoyée à plusieurs labels. Le propriétaire de Wrong Again Records pensa que le groupe avait de l'avenir et conclut bientôt un contrat avec le groupe.
De ce contrat naquit le premier album d'In Flames, appelé Lunar Strain, qui réunit des voix "death" et un jeu instrumental plutôt agressif, combiné avec des sessions acoustiques. L'album connut un succès dans la scène underground suédoise et reçut des critiques positives de la presse spécialisée.
Cependant, In Flames est devenu connu dans la plupart de l'Europe, grâce à la sortie en 1994 de l'EP Subterranean. Il attira l'attention du label Nuclear Blast, qui leur offrit un contrat pour la sortie européenne de leur album. Suit en 1995 l'album The Jester Race avec l'arrivée au chant de Anders Friden et à la batterie de Björn Gelotte. L'album pose les bases du son In Flames qui sera ensuite encore plus abouti en 1997 sur l'album Whoracle, considéré par beaucoup de fans comme leur meilleur album.
L'année 1999 marque un changement décisif pour le groupe avec l'arrivée de Daniel Svensson à la batterie et de Peter Iwers à la basse pour former le line-up qui depuis est celui du groupe. Björn Gelotte quant à lui passe de la batterie à la guitare. L'album Colony sort cette même année et continue dans ce style caractéristique de death metal mélodique. En 2000 sort l'album Clayman qui marque un virement dans la carrière du groupe. Celui-ci en effet s'éloigne un peu de ses racines et apporte des touches différentes à sa musique avec notamment l'apparition de samples et des refrains très accrocheurs. En 2001 sort un album live Tokyo Showdown.
La sortie en 2002 de Reroute To Remain sera l'album qui va leur apporter une plus grande notoriété. Produit par Daniel Bergstrand, cet album possède un son très moderne qui rebutera les fans les plus ardents tout en apportant de nouveaux au groupe. Il lui permet d'effectuer de grosses tournées et d'ouvrir entre autres pour Metallica. Cette évolution vers des sonorités modernes et des murs de guitares va se poursuivre sur l'album Soundtrack To Your Escape sorti en 2004 qui renferme également son lot de hits. En 2005, après avoir supporté le groupe Judas Priest en début d'année lors de leur tournée nord-européennes, le groupe fait partie du Ozzfest en jouant sur la scène principale, avec Iron Maiden et Black Sabbath. Dans la même année, le groupe sort un DVD intitulé Used And Abused: In Live We Trust comportant 2 DVD (avec 2 CD et un livret de 48 pages en plus dans son édition limitée). À la fin 2005, le groupe signe chez le label Ferret Music, pour le territoire de l'Amérique du Nord.
Après avoir vendu plus qu'un millions d'exemplaires de leurs albums, la formation sort en février 2006 l'album Come Clarity qui marque un retour aux mélodies d'antan tout en gardant le son moderne des deux derniers albums. À sa première semaine de vente, il se classa premiers dans les charts de Suède et de Finlande, se retrouva à la sixième position en Allemagne et était à la position #56 aux Billboard américain, l'album se vendit à 24 000 exemplaires aux États-Unis, Ces ventes représente 250% des ventes de Soundtrack To Your Escape, qui s'était vendu à moins de 10 000 exemplaires à sa première semaine. La sortie de cet album correspond à la première tournée en tête d'affiche que le groupe effectue en Amérique du Nord et qui sera suivie d'une tournée européenne avec Sepultura. Le groupe participera au Sound of The Underground américain cette été, après avoir fait une deuxième tournée en tête d'affiche aux États-Unis.
